É uma assinatura que só a identidade certificada para o efeito pode emitir.
Desta forma, a empresa em causa é identificada, assim como a integridade da informação que o documento detém.
A assinatura digital qualificada funciona como um reconhecimento restrito formulado através de um mecanismo seguro de criação de assinaturas – designado de QSCD – Qualified Signature Creation Devices, que verifica a legitimidade dos documentos, o que se iguala, por exemplo, às assinaturas manuscritas em todos os estados-membros da UE.
Recorde-se que, esta nova legislação da faturação eletrónica foi formulada no quadro de um regulamento europeu, com o intuito de padronizar o uso de faturação eletrónica e de precisar um alicerce europeu comum para uma interação eletrónica estável em toda a União Europeia.
De reforçar também que apenas as entidades competentes e credenciadas pelo Gabinete Nacional de Segurança e assinaladas na Trusted List publicada pela Comissão Europeia podem criar uma assinatura digital qualificada com valor efetivo ou legal e que as assinaturas/selos eletrónicos qualificados emitidos devem ser gerados num dispositivo qualificado de criação de assinaturas/selos eletrónicos.